Am 7. Oktober 1938 ergab sich spontan eine katholische Kundgebung, die heute als Rosenkranz-Demonstration bezeichnet wird. Anschließend an eine Rosenkranzfeier, die mehr als 6000 junge Katholiken besuchten, skandierten die Teilnehmer: “Christus ist unser Führer”. Sie sangen auch Kirchenlieder und riefen schließlich vor dem erzbischöflichen Palais angelangt: “Wir wollen unseren Bischof sehen!” Dies stuften die Nationalsozialisten als Provokation ein. Einen Tag darauf, also am 8. Oktober 1938, wurde als “Reaktion” das erzbischöfliche Palais von der Hitlerjugend gestürmt. Bei diesem Angriff trug Franz Jachym Verletzungen davon. Gegen Bedienstete, die sich zur Wehr setzten, wurde Gewalt angewendet. Die Situation eskalierte. Es wurde versucht, den Sekretär Jakob Weinbacher aus dem Fenster zu werfen, was Gott sei Dank verhindert werden konnte. Als die Meute weiter zum Curhaus am Stephansplatz zog, wurde Domkurat Johannes Krawarik Opfer eines Angriffs. Er wurde aus dem ersten Stock in den Innenhof geworfen und brach sich beide Beine. Viele Jahre später wurde nach Johannes Krawarik eine Gasse in Ottakring benannt.

Am 23. April 1950 sollte Franz Jachym zum Bischof geweiht werden. Die Metropolitankirche zu Sankt Stephan war aufs Festlichste geschmückt. Gut 1000 Menschen, darunter Minister, Vertreter des Alliierten Rates im vierfach besetzten Österreich, Ehrengäste sonder Zahl, wollten einem raren und spektakulären Weiheakt beiwohnen. Die Vorgeschichte ist, dass der Vatikan befunden hatte, dem Wiener Erzbischof Kardinal Theodor Innitzer einen Koadjutor (ohne automatisches Nachfolgerecht) beizugeben, der quasi als zweiter Erzbischof die Diözese leiten sollte. „Sedi datus" hieß es in der päpstlichen Bulle ausdrücklich. Also „dem Erzbischöflichen Stuhl“ beigegeben, nicht dem Kardinal persönlich („personae datus“). Wie spektakulär die Sache werden sollte, ahnt freilich niemand im Dom, als das Pontifikalamt mit Chor und großem Orchester begann.

Kardinal Innitzer war verbittert, als er vom Vatikan verständigt worden war. Er war sich dessen bewusst, dass dies seiner Entmündigung gleichkam. Der päpstliche Nuntius wollte keinen beliebten Volksbischof wie Innitzer, sondern einen beinharten akkuraten Manager, der die mühsamen Jahre des Wiederaufbaus samt Kirchenbauten besser bewerkstelligen könnte.

Die Weihe hatte begonnen, die Ernennungsbulle war verlesen. 17 der 18 vorgeschriebenen Fragen hatte Franz Jachym schon mit „Volo“ bzw. „Credo“ beantwortet. Doch dann passierte etwas in der Kirchengeschichte Einzigartiges. Bevor Innitzer die Handschuhe und den Hirtenstab übergeben konnte, wendete sich Jachym in lateinischer, dann in deutscher Sprache an die Versammlung:

„Eminenz, hochwürdigster Herr Kardinal!

Nach den Überlegungen der letzten durchwachten Nächte fühle ich mich für das hohe Bischofsamt nicht würdig genug. Ich bitte daher, von meinem Vorsatz zurücktreten zu dürfen, und tue diese Bitte in aller Demut und Festigkeit. Ich empfehle mich der göttlichen Barmherzigkeit, die an diesem heutigen Sonntag besonders gefeiert wird, und bitte den Klerus und das Volk, meiner dauernd im Gebet zu gedenken. Eure Eminenz bitte ich aber, in der feierlichen Messe vom Alleluja-Vers fortzufahren.“

Jachym verließ dann in Windeseile den Dom. Vor dem Dom wartete sein Dienstauto mit Chauffeur Fritz Grassl. Jachym ließ sich zu seiner Wohnung fahren. Warum er die Weihe nicht zuließ, ist bis heute Gegenstand der Spekulation. Er hat selbst nie eine klare Aussage darüber getroffen. Doch es wird mittlerweile angenommen, dass er längere Zeit beobachtete, wie tief Theodor Innitzer sich verletzt fühlte. Er wollte wohl ein Zeichen setzen, dass er mit den innerkirchlichen Intrigen nichts zu tun hatte.